Un aspetto fondamentale per la riqualificazione di un fiume è la cura dettagliata dei margini, in termini naturalistici.
Stiamo parlando di aree vegetate adiacenti ai corpi idrici. Lo scopo per cui vengono realizzate ex-novo è di proteggere i corpi idrici da inquinanti quali i solidi sospesi, i nutrienti e la materia organica, prevenire il dissesto idrogeologico e fornire all'ecosistema acquatico adiacente alcune importanti componenti funzionali. Le fasce utili ai fini della protezione degli ambienti acquatici sono date dalle loro capacità di essere un tampone con l'uso antropico del territorio, nonché di essere un filtro in grado di intrappolare i sedimenti e assorbire il ruscellamento superficiale.
Le fasce tampone sono costituite da diverse componenti, tutti generalmente paralleli al corso d'acqua che circondano: nell'ordine (avvicinandosi al corpo idrico):
1. Fascia erbosa di almeno 5-10 metri, che aiuta a rimuovere gli inquinanti presenti nel ruscellamento superficiale proveniente dagli ambienti circostanti.
2. Fascia arbustiva di transizione, dove si hanno ulteriori abbattimenti dei carichi diffusi a livello del suolo e delle radici: garantisce anche la massima diversificazione a livello di habitat del corridoio ecologico.
3. Fascia arborea perifluviale, che agisce fornendo componenti essenziali ai cicli dell'ecosistema acquatico e isolandolo da possibili disturbi esterni.
Si veda lo schema grafico a fianco rappresentato.
Questi habitat vengono denominati fra gli ecotoni ovvero quelle fasce di transizione fra un ambiente e un'altro. La naturalità di un luogo si caratterizza molto per la presenza di abbondanti fasce ecotonali, nelle quali lo scambio di energia e la biodiversità è particolarmente elevata. Tra gli arbusteti ecotonali, per esempio, trovano rifugio e spesso nidificazione molti passeriformi, insettivori, che aiutano a tenere sotto controllo la proliferazione di parassiti e altri agenti patogeni anche in agricoltura.